Mandat
Présentation du milieu
Le CRCHUM lance un programme innovant de médecine de précision intégré directement aux unités de soins intensifs et des grands brûlés. Ce laboratoire satellite, situé au cœur de l’action clinique, a pour mandat de livrer des analyses multi-omiques (génome, transcriptome, protéome) ultra-rapides pour guider les soins critiques. Nous utilisons principalement la technologie de séquençage par nanopores (Oxford Nanopore Technologies) pour offrir des résultats en temps réel.
Sommaire du poste
Sous la responsabilité du Gestionnaire/Chercheur principal et en étroite collaboration avec les cliniciens-chercheurs, le/la technicien.ne aura pour mandat principal l’implémentation, l’optimisation et l’opération du pipeline complet de séquençage Nanopore.
Le titulaire jouera un rôle clé dans la mise au point technique des protocoles (de l’extraction à la bio-informatique pré-analytique) pour traiter des échantillons complexes (sang, tissus, liquides biologiques) dans des délais très courts requis par l’urgence clinique.
Responsabilités principales
Volet Technique & Séquençage
- Extraction d’acides nucléiques avancée : Maîtriser les techniques d’extraction d’ADN de haut poids moléculaire (HMW DNA) et d’ARN total de haute qualité à partir d’échantillons cliniques difficiles, essentiels pour le séquençage longues lectures.
- Préparation de librairies : Réaliser la préparation de bibliothèques de séquençage complexes (ex: Ligation Sequencing Kit, Rapid Kit, cDNA/Direct RNA) pour la plateforme Oxford Nanopore (MinION/GridION/PromethION).
- Opération des séquenceurs : Gérer le lancement des runs, le chargement des Flow Cells, le monitoring en temps réel et le lavage/stockage des Flow Cells (nuclease flush).
- Traitement pré-analytique des données : Lancer et surveiller les processus de basecalling et effectuer le contrôle qualité primaire des données (QC) avant le transfert à l’équipe de bio-informatique.
- Développement R&D : Participer activement à l’adaptation des protocoles pour le volet transcriptomique et protéomique en développement.
Volet Gestion & Clinique
- Recevoir et enregistrer les spécimens biologiques provenant des soins intensifs avec une rigueur absolue (traçabilité, désidentification).
- Collaborer avec l’équipe clinique pour coordonner les prélèvements urgents.
- Maintenir l’inventaire des réactifs coûteux (Flow Cells, kits) et gérer les dates de péremption critiques.
- Participer à la rédaction des Procédures Opérationnelles Normalisées (SOPs) et à la validation des méthodes selon les normes de qualité clinique (ISO/CAP si applicable).
Exigences
Scolarité et expérience
- Diplôme d’études collégiales (DEC) en techniques de laboratoire médical, biotechnologies ou Baccalauréat (B.Sc.) en biologie moléculaire/génomique.
- Minimum de cinq (5) années d’expérience pertinente en laboratoire de biologie moléculaire et en manutention d’ARN.
- Expérience pratique avec la technologie Nanopore (Oxford Nanopore Technologies) est un atout majeur.
- Expérience solide en extraction d’ADN/ARN et en PCR/qPCR.
Compétences techniques spécifiques
- Maîtrise des concepts de séquençage de 3e génération (Long Reads).
- Aisance informatique supérieure à la moyenne : capacité à naviguer dans des environnements de base (Windows/Linux), gestion de fichiers volumineux, utilisation de logiciels d’interface instrumentale.
- Expérience en Bulk RNA-Seq ou en techniques transcriptomiques (atout majeur).
Aptitudes personnelles
- Tolérance au stress et rapidité d’exécution : Capacité à traiter des échantillons urgents pour des patients en état critique.
- Esprit de résolution de problèmes.
- Autonomie et rigueur scientifique.
Conditions de travail
- Poste à temps complet (35 heures/semaine).
- Horaire : Principalement de jour, du lundi au vendredi, avec possibilité d’horaires adaptés en fonction des besoins des soins intensifs et des grands brûlés.
- Lieu : Centre-ville de Montréal (CHUM), accès direct au métro.
- Salaire et avantages selon les échelles du CRCHUM.